クリニックの年末調整、令和8年分は何が変わる？基礎控除104万円・扶養の所得要件62万円の確認点【2026年版】
令和8年（2026年）12月に行う年末調整から、所得税の基礎控除などが引き上げられた金額で計算します。国税庁によると、令和8年度税制改正による基礎控除の引上げ、給与所得控除の最低保障額の引上げ、扶養親族等の所得要件の改正は、原則として令和8年12月1日に施行され、令和8年分以後の所得税に適用されます。パートや非常勤の職員を含め、毎年12月に職員の年末調整を行うクリニックにとっては、昨年の手順をそのまま使うと金額や所得要件を誤るおそれがあります。この記事では、国税庁の資料で確認できた変更点と、クリニックが12月までに確認しておくことを整理します。
この記事の要点
- 令和8年11月までの源泉徴収事務は変わりません。改正後の基礎控除などは、令和8年12月の年末調整で、引上げ後の額で1年間の税額を計算し、改正前の源泉徴収税額表による税額と精算します。
- 扶養親族等の所得要件が合計所得金額58万円以下から62万円以下に変わります。給与だけの場合の収入金額では、123万円以下から136万円以下です。新たに要件を満たす親族がいる職員は、扶養控除等（異動）申告書の提出が必要です。
- 源泉所得税の納期限は令和9年1月12日（納期の特例を受けている場合は1月20日）です。給与計算ソフトの更新、職員への案内、必要書類の回収を12月までに済ませておきましょう。
令和8年分の年末調整は何が変わる？
国税庁の「令和8年分 年末調整のしかた」は、昨年と比べて変わった点として、基礎控除の引上げ、給与所得控除の最低保障額の引上げ、扶養親族等の所得要件の改正、23歳未満の扶養親族がいる場合の生命保険料控除の特例の4つを挙げています。いずれも令和8年12月1日に施行され、令和8年分以後の所得税に適用されます。
| 項目 | 改正後 | 改正前 |
|---|---|---|
| 基礎控除 | 合計所得金額に応じて引上げ（次の見出しの表） | 95万円〜58万円（令和8年分） |
| 給与所得控除の最低保障額 | 74万円（令和8年分以後） | 65万円 |
| 扶養親族等の所得要件 | 合計所得金額62万円以下 | 合計所得金額58万円以下 |
| 家内労働者等の必要経費の最低保障額 | 69万円 | 65万円 |
| 23歳未満の扶養親族がいる場合の生命保険料控除 | 令和8・9年分に限り、一般生命保険料控除の控除額を拡充（後述） | 特例なし |
時期の整理も大切です。国税庁は、令和8年11月までの給与の源泉徴収事務には変更が生じないとしています。令和8年12月の年末調整では、引上げ後の基礎控除額と「令和8年分の年末調整等のための給与所得控除後の給与等の金額の表」で1年間の税額を計算し、改正前の源泉徴収税額表によって毎月徴収してきた税額との精算を行います。毎月の源泉徴収に使う源泉徴収税額表そのものは、令和9年分以後に改正されます（令和9年1月1日施行）。
基礎控除はいくらになる？合計所得金額ごとの金額
基礎控除は、合計所得金額に応じて引き上げられました。国税庁の資料では、令和8・9年分と、令和10年分以後で額が分かれています。
| 合計所得金額（給与だけの場合の収入金額） | 令和8・9年分 | 令和10年分以後 | 改正前（令和8年分） |
|---|---|---|---|
| 132万円以下（206万円以下） | 104万円 | 99万円 | 95万円 |
| 132万円超336万円以下（475万1,999円以下） | 104万円 | 62万円 | 88万円 |
| 336万円超489万円以下（665万5,556円以下） | 104万円 | 62万円 | 68万円 |
| 489万円超655万円以下（850万円以下） | 67万円 | 62万円 | 63万円 |
| 655万円超2,350万円以下（2,545万円以下） | 62万円 | 62万円 | 58万円 |
合計所得金額が2,350万円を超える場合の基礎控除は改正されていません。なお、表の収入金額は、改正後の給与所得控除額に基づく金額です。特定支出控除や所得金額調整控除の適用がある場合には、表の金額と異なります。
控除額が増えるため、12月の年末調整では過納額（払いすぎ）が出る職員が増えます。国税庁は、過納額は年末調整を行った月分（通常は12月分）の徴収税額から差し引いて還付し、引ききれないときは翌月以降の徴収税額から順次差し引くとしています。
基礎控除申告書は、提出された内容に基づいて改正後の基礎控除額を控除します。国税庁は、様式の「給与所得者の基礎控除申告書 兼 給与所得者の配偶者控除等申告書 兼 給与所得者の特定親族特別控除申告書 兼 所得金額調整控除申告書」が前年分から変更されたとしています。昨年の様式は使い回さないでください。
扶養・配偶者の所得要件はどう変わる？パート職員の136万円
基礎控除の引上げにあわせて、扶養控除などの対象になる親族の所得要件も引き上げられました。国税庁の資料では、次のとおり整理されています。かっこ内は収入が給与だけの場合の収入金額です。
| 区分 | 改正後 | 改正前 |
|---|---|---|
| 扶養親族・同一生計配偶者・ひとり親の生計を一にする子 | 62万円以下（136万円以下） | 58万円以下（123万円以下） |
| 特定親族 | 62万円超123万円以下（136万円超197万円以下） | 58万円超123万円以下（123万円超188万円以下） |
| 配偶者特別控除の対象となる配偶者 | 62万円超133万円以下（136万円超207万円以下） | 58万円超133万円以下（123万円超201万5,999円以下） |
| 勤労学生 | 89万円以下（163万円以下） | 85万円以下（150万円以下） |
職員の配偶者や子どもが外でパートやアルバイトをしている場合も、この所得要件で扶養控除や配偶者控除の対象かが決まります。
ここで注意したいのは、これが所得税の話だという点です。健康保険や厚生年金などの社会保険の扶養や、短時間労働者の社会保険の適用拡大は、別の制度で判断されます。パート職員から「136万円なら大丈夫ですか」と聞かれたときは、所得税の扶養と社会保険は別の基準であることを説明してください。社会保険の扱いは、クリニックの人件費の記事で整理しています。
新たに扶養親族等の要件を満たすことになった親族がいる職員は、扶養控除等の適用を受けるために「給与所得者の扶養控除等（異動）申告書」の提出が必要です。国税庁は、「異動月日及び事由」欄に「令和8年12月1日 改正」などと記載する方法を示しています。提出の期限は原則として12月1日以後最初に給与を受ける日の前日までですが、年末調整までに提出されれば年末調整に反映できます。令和8年11月分までの源泉徴収税額表を使うときは、新たに対象となった親族を扶養親族等の数に含めない取扱いです。
23歳未満の扶養親族がいる職員の生命保険料控除はどうなる？
令和8・9年分に限り、年齢23歳未満の扶養親族がいる職員の「新生命保険料」に係る一般生命保険料控除額が拡充されます。国税庁の資料では、年間の新生命保険料に応じて次の控除額になります。
| 年間の新生命保険料 | 一般生命保険料控除額 |
|---|---|
| 3万円以下 | 全額 |
| 3万円超6万円以下 | 新生命保険料×1/2＋1万5,000円 |
| 6万円超12万円以下 | 新生命保険料×1/4＋3万円 |
| 12万円超 | 一律6万円 |
旧保険料と新保険料の両方を支払っている場合の一般生命保険料控除の適用限度額は6万円（改正前は4万円）になります。一般生命保険料控除、介護医療保険料控除、個人年金保険料控除を合わせた適用限度額は、改正前と同じ12万円です。
年末調整の対象者と、集める書類は？
国税庁のタックスアンサーによると、12月に行う年末調整の対象は、年の途中で就職した人を含めて1年を通じて勤務している人や、青色事業専従者です。診療所が個人事業で、院長の家族が青色事業専従者として働いている場合も、この対象に入ります。年末調整の対象になるのは、給与所得者の扶養控除等（異動）申告書を、年末調整を行う日までに提出している人です。一方、1年間に支払うことが確定した給与の総額が2,000万円を超える人は対象になりません。
国税庁の「年末調整のしかた」が挙げる申告書は次のとおりです。令和8年分は様式が変わったものがあるため、職員に配る前に最新の様式かを確認します。
- 給与所得者の扶養控除等（異動）申告書
- 給与所得者の基礎控除申告書（配偶者控除等申告書・特定親族特別控除申告書・所得金額調整控除申告書と一体の様式）
- 給与所得者の保険料控除申告書（生命保険料、地震保険料、社会保険料など）
- 住宅借入金等特別控除申告書（2年目以降の適用を受ける人）
国税庁のQ&Aは、改正を反映した年末調整関係書類を、令和8年12月1日より前から提出を受けても差し支えないとしています。11月のうちに案内を配り、早めに回収を始めると、12月の負担が減ります。
12月1日より前に退職した職員は、どう扱う？
改正後の控除は、令和8年12月1日以後に行う年末調整に適用されます。国税庁は、令和8年11月30日以前に最後の給与を支払った人（死亡退職、非居住者となる転勤、休職者など）には、年末調整で改正後の控除等は適用されず、確定申告が必要になるとしています。個別の判断は、税務署や税理士に確認してください。
納期限と年末調整後の手続きは？
年末調整は、毎月の給与から源泉徴収した所得税等の合計額と、その年に納めるべき所得税等の額との差額を精算する手続きです。国税庁の「年末調整のしかた」は、各種申告書の受理と内容確認から、給与総額の集計、年税額の計算、過不足額の精算、不足額の納付と所得税徴収高計算書の提出、源泉徴収票の作成・交付までを手順として示しています。
令和8年分の年末調整に係る源泉所得税及び復興特別所得税の納期限は、令和9年1月12日（火）です。納期の特例の承認を受けている場合は、令和9年1月20日（水）です。納期の特例は、給与の支払を受ける人が常時10人未満の源泉徴収義務者が使える制度で、7月から12月までに源泉徴収した所得税は翌年1月20日が納期限になります。
令和9年分以後は、基礎控除と給与所得控除の最低保障額の引上げに伴い、源泉徴収税額表が改正されます（令和9年1月1日施行）。ひとり親控除も35万円から38万円に引き上げられますが、国税庁は令和9年分以後の改正で、令和8年分の年末調整には影響しないとしています。令和9年1月の給与から、新しい税額表で源泉徴収する準備も並行して進めましょう。
よくある質問（FAQ）
Q. 令和8年11月までの給与の源泉徴収は、変わりますか？
変わりません。国税庁は、令和8年11月までの給与等の源泉徴収事務には変更が生じないとしています。改正後の基礎控除などは、令和8年12月の年末調整で、1年間の税額を計算し直す形で反映されます。
Q. 扶養親族が増える職員は、何を提出すればよいですか？
所得要件の引上げで新たに扶養親族等の要件を満たす親族がいる職員は、「給与所得者の扶養控除等（異動）申告書」を提出します。「異動月日及び事由」欄には「令和8年12月1日 改正」などと記載する方法が国税庁から示されています。年末調整までに提出されれば、年末調整に反映できます。
Q. パート職員の給与収入が136万円以下なら、扶養に入れますか？
所得税の扶養親族等の所得要件は、合計所得金額62万円以下で、収入が給与だけの場合は136万円以下です。ただし、これは所得税の判定です。社会保険の扶養や、勤務先での社会保険の加入は別の基準で決まるため、本記事の金額だけで判断しないでください。
Q. 年末調整の対象にならない職員は、どんな人ですか？
国税庁によると、1年間に支払うことが確定した給与の総額が2,000万円を超える人や、災害減免法により、その年の給与にかかる所得税等の源泉徴収について徴収猶予や還付を受けた人は、12月の年末調整の対象になりません。扶養控除等（異動）申告書を年末調整を行う日までに提出していない人も対象外です。
Q. 納期の特例は、どのクリニックが使えますか？
給与の支払を受ける人が常時10人未満の源泉徴収義務者が、納期の特例の承認を受けることができます。7月から12月までに源泉徴収した所得税等の納期限は、翌年1月20日です。
今すべきこと（チェックリスト）
- 給与計算ソフトが令和8年分の年末調整の改正に対応しているか、提供会社に確認する
- 令和8年分の様式（基礎控除申告書など）を、職員に配る前に最新版へ差し替える
- 11月中に職員へ案内し、扶養控除等（異動）申告書・保険料控除申告書の回収を早めに始める
- 所得要件が58万円から62万円になる点を、パート職員・扶養に入る家族がいる職員に伝える
- 23歳未満の扶養親族がいる職員の保険料控除申告書で、年齢の記載を確認する
- 令和8年11月30日以前に退職した職員への説明（確定申告が必要になる場合がある旨）を決めておく
- 納期限（令和9年1月12日、納期の特例は1月20日）を院内のカレンダーに入れる
- 令和9年1月からの源泉徴収税額表の改正に備え、ソフトの更新時期を確認する
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参考・出典
- 国税庁「令和8年分 年末調整のしかた」
- 国税庁「令和8年分 年末調整のしかた Ⅰ 昨年と比べて変わった点（基礎控除の引上げ等）」
- 国税庁「令和８年分年末調整のしかた（手順などの説明）」
- 国税庁「年末調整がよくわかるページ（令和８年分）」
- 国税庁「令和８年度税制改正による所得税の基礎控除の引上げ等について」
- 国税庁「令和８年度税制改正（所得税の基礎控除の引上げ等関係）Ｑ＆Ａ」（令和8年5月）
- 国税庁「年末調整に係る源泉所得税及び復興特別所得税の納期限」
- 国税庁タックスアンサー No.2665「年末調整の対象となる人」
- 国税庁タックスアンサー No.2505「源泉所得税及び復興特別所得税の納付期限と納期の特例」
※本記事は一般的な情報提供を目的としたものであり、個別の税務判断や年末調整の計算結果を保証するものではありません。実際の年末調整の実務にあたっては、管轄の税務署および税理士・社会保険労務士等の専門家に必ずご確認ください。数値・制度は2026年10月時点の国税庁の公表資料に基づきます。
公開日：2026年10月16日／最終更新日：2026年10月16日
執筆者
鎌形 博展（かまがた ひろのぶ）/ 株式会社EN 代表取締役社長。クリニックの開業支援・事務長代行・医業承継（M&A）をワンストップで手がける株式会社ENを率いる。制度改正が相次ぐ医療業界において、開業・承継の実務に精通した立場から現場に即した情報発信を行っている。
医療法人社団季邦会 理事長（首都圏7拠点運営）、東京医科大学救急災害医学講座 非常勤医師
社会医学系専門医指導医、慶應義塾大学大学院経営管理研究科 田中滋・中村洋ゼミ出身
