2026年9月1日、労働基準監督署の時間外労働に関する監督指導のやり方が変わります。時間数だけを見て「1か月45時間以内に減らすように」と一律に求める指導をやめ、各事業場が36協定で定めた健康福祉確保措置の実施状況を重点的に確認する方式に切り替わります。上限規制そのものは1時間も緩んでいません。変わるのは、監督署が何を見て指導するかです。厚生労働省の発表と告示・法令をもとに、医療機関の管理者・事務長が9月以降に確認しておくべき点を整理します。

2026年9月1日から何が変わるのか？

変わるのは2つです。働き方改革推進支援センターに36協定の専門相談窓口が置かれることと、労働基準監督署が「時間数だけを見る一律指導」をやめることです。時間外労働の上限規制の内容は変わりません。

①36協定の締結等に関する相談・支援の充実

全国の働き方改革推進支援センターに、36協定や特別条項の締結、柔軟な労働時間制度の活用を支援する「専門相談窓口」が設けられます。あわせて、同センターと労働基準監督署（労働時間相談・支援班）のチームによる、アウトリーチ型の訪問支援が行われます（出典：厚生労働省「時間外労働等に係る相談・支援及び監督指導を見直します」令和8年8月19日）。

②労働基準監督署における対応の見直し

厚生労働省は、監督署の対応について次のように示しています。「時間外・休日労働時間数のみに着目して1か月45時間以内への削減を求める一律の指導を見直し、各事業場が36協定で定める健康及び福祉を確保するための措置の実施状況を重点的に確認し、確認した状況に応じた必要な指導を行う」。ただし「個々の事業場の実態を踏まえて、過重労働による健康障害が生じるおそれが高い場合には、引き続き必要な指導を行う」とも明記されています（出典：厚生労働省「時間外労働等に係る相談・支援及び監督指導を見直します」令和8年8月19日）。

上限規制そのものは変わっていない

ここは誤読されやすいところです。労働基準法第36条第4項が定める限度時間（1か月45時間・1年360時間）も、特別条項を結んだ場合の上限（時間外労働は年720時間以内、時間外労働と休日労働の合計は月100時間未満かつ2〜6か月平均80時間以内、限度時間を超えられるのは年6回まで）も、条文は一切変わっていません。違反した場合の罰則（6か月以下の懲役または30万円以下の罰金）も同じです（出典：e-Gov法令検索「労働基準法」第36条／厚生労働省「時間外労働の上限規制　わかりやすい解説」2023年2月版）。

変わったのは、法定の上限に達していない「45時間から特別条項の範囲内」の帯域について監督署が何を根拠に指導するかです。時間数の多寡ではなく、協定した健康福祉確保措置を実際に実施しているかが確認の軸になります。

なぜ「月45時間の一律指導」が見直されたのか？

2026年7月21日に閣議決定された2つの政府方針が直接の契機です。

厚生労働省の発表によれば、日本成長戦略には「36協定の締結や柔軟な労働時間制度の活用について、よろず支援拠点等との連携を強化しつつ、『働き方改革推進支援センター』や労働基準監督署による相談支援の充実を速やかに実施する」、経済財政運営と改革の基本方針2026（骨太方針2026）には「労働基準監督署において、重大･悪質な事案に対しては厳正に対応しつつ、労働時間や労働者の健康確保措置に関する労使の合意にのっとった指導が行われるよう速やかに見直す」と記されています（出典：厚生労働省「時間外労働等に係る相談・支援及び監督指導を見直します」令和8年8月19日）。原典は内閣官房「日本成長戦略」2026年7月21日と内閣府「経済財政運営と改革の基本方針2026」令和8年7月21日閣議決定です。

骨太方針の「労使の合意にのっとった指導」という文言が要点です。36協定は労使が合意して結ぶものであり、そこに書かれた健康確保措置こそがその事業場の約束事だという整理になります。監督署はその約束が守られているかを見る、という建て付けです。

「健康及び福祉を確保するための措置」とは何を指すのか？

特別条項付きの36協定を結ぶ際に、限度時間を超えて働かせる労働者へ講じると協定した措置です。協定事項として定める必要があり、届出様式（様式第9号の2）にも記入欄があります。

厚生労働省告示第323号（平成30年9月7日）第8条は、次の9つのうちから協定することが望ましいとしています（出典：厚生労働省告示第323号「労働基準法第三十六条第一項の協定で定める労働時間の延長及び休日の労働について留意すべき事項等に関する指針」平成30年9月7日）。

項目内容
①労働時間が一定時間を超えた労働者に医師による面接指導を実施すること
②深夜業（22時〜5時）に労働させる回数を1か月について一定回数以内とすること
③終業から始業までに一定時間以上の継続した休息時間を確保すること（勤務間インターバル）
④勤務状況・健康状態に応じて代償休日または特別な休暇を付与すること
⑤勤務状況・健康状態に応じて健康診断を実施すること
⑥年次有給休暇の連続取得を含め、取得を促進すること
⑦心とからだの健康問題についての相談窓口を設置すること
⑧勤務状況・健康状態に配慮し、必要な場合には適切な部署へ配置転換をすること
⑨必要に応じて産業医等による助言・指導を受け、または保健指導を受けさせること

届出様式ではこの9項目に加えて「⑩その他」を選び、具体的内容を記載することもできます（出典：厚生労働省「時間外労働の上限規制　わかりやすい解説」2023年2月版）。なお同じ指針の第3条第2項は、1週間当たり40時間を超えた労働時間が1か月におおむね45時間を超えて長くなるほど脳・心臓疾患の発症との関連性が徐々に強まる、とする認定基準（令和3年9月14日付け基発0914第1号）に留意しなければならないとも定めています。45時間が指導の入口から外れても、医学的な意味まで消えるわけではありません。

医師にも月45時間の限度時間は適用されるのか？

適用されます。特定医師にも1か月45時間・1年360時間という水準は残ります。ただし適用のされ方が一般労働者と異なり、「45時間を超えられるのは年6回まで」という制限は適用されません。

読替えの仕組み

労働基準法第141条第1項は、特定医師について第36条第3項の「限度時間」を「限度時間並びに労働者の健康及び福祉を勘案して厚生労働省令で定める時間」と読み替え、第36条第5項および第6項第2号・第3号を適用しないと定めています。そして労働基準法施行規則第69条の3第5項は、この「厚生労働省令で定める時間」を1か月45時間・1年360時間としています（出典：厚生労働省労働基準局「医師の時間外労働の上限規制に関するQ&A」参考条文）。

つまり特定医師の36協定でも、まず限度時間（1か月45時間・1年360時間）の範囲内での延長時間を定め、これを超える必要がある場合に特別条項を設ける、という順序は同じです。適用されないのは第36条第5項（年720時間以内、45時間超は年6回まで）と第6項第2号・第3号（月100時間未満、2〜6か月平均80時間以内）で、これらに代わり令和6年4月から第141条第2項・第3項に基づく上限が適用されます。

水準特別延長時間の上限
（法第141条第2項）		医師個人の上限
（法第141条第3項）
A水準1年960時間1年960時間
連携B水準1年960時間1年1,860時間
B水準1年1,860時間1年1,860時間
C水準1年1,860時間1年1,860時間

いずれも1か月は100時間未満（例外あり）です。特別延長時間の上限は自院の時間のみで判断し、医師個人の上限は副業・兼業先の時間も通算します（出典：厚生労働省労働基準局「医師の時間外労働の上限規制に関するQ&A」3-1）。

特定医師の36協定には面接指導等を定める

特定医師について36協定を結ぶ場合、労働基準法施行規則第69条の3第2項は、月100時間以上の時間外・休日労働が見込まれる特定医師への面接指導を管理者に行わせること、面接指導を行った医師の意見を遅滞なく聴かせること、必要があると認めるときは労働時間の短縮・宿直回数の減少その他の適切な措置を講じさせることなどを協定に定めるものとしています（同Q&A参考条文）。

これは実質的に、医師版の健康福祉確保措置です。しかも面接指導が行われないまま月100時間以上の時間外・休日労働をさせた場合は、36協定で定めた特別延長時間の範囲内であっても法第141条第3項違反になると同Q&A（5-8）は明示しています。9月からの監督指導が「協定した措置の実施状況」を見る方針である以上、医療機関ではこの部分が確認の対象になりうると考えるのが自然です。

医療機関の事務長が9月以降に確認すべきことは何か？

協定書に何を書いたか、実施しているか、記録が残っているか。この3点です。今回の見直しで3つ目の重みが上がりました。

  1. 現行の36協定（様式第9号の2）で選んだ健康福祉確保措置の番号と記載内容を確認する。番号だけ選んで具体的内容が空欄に近い、前年の写しをそのまま更新している、という状態になっていないか。
  2. 選んだ措置が実際に運用されているかを職種別に点検する。勤務間インターバルなら何時間で運用しているか、相談窓口なら周知され利用実績があるか。医師・看護師・薬剤師・医療事務で運用実態が違うことは珍しくありません。
  3. 実施を示す記録を整える。面接指導の記録は、医療法施行規則第71条第1項および労働安全衛生規則第52条の6第1項により5年間の保存が必要です（出典：厚生労働省労働基準局「医師の時間外労働の上限規制に関するQ&A」5-9）。他の措置も、いつ誰に何をしたかを説明できる形にしておくことが望ましいと考えられます。

この見直しは「45時間を超えても指摘されなくなった」という話ではありません。措置を協定しているのに実施していない事業場は、むしろ論点が明確になった分だけ説明を求められやすくなります。措置を書いた側の責任が重くなった、と読むのが正確でしょう。

相談先はどこを使えばよいのか？

36協定の書き方や労働時間制度は9月から新設される働き方改革推進支援センターの専門相談窓口へ、医療機関固有の勤務環境の課題は医療勤務環境改善支援センターへ、という使い分けが基本です。いずれも無料です。

  • 働き方改革推進支援センター（専門相談窓口）…社会保険労務士等が、36協定・特別条項の締結、柔軟な労働時間制度の導入、社内規程づくり、助成金の相談に応じます。
  • 労働基準監督署（労働時間相談・支援班）…監督署の職員が、自院の実態を踏まえた36協定の締結・届出や労働時間制度の法令・解釈を説明します。上記センターとのチームによる訪問支援もあります。
  • よろず支援拠点・商工会議所等…中小企業診断士等が、労務にとどまらない経営課題の相談に応じます。今回の見直しで連携が強化されます。
  • 医療勤務環境改善支援センター（いきサポ）…医療機関に特化した支援機関として、総合的なサポートを行います。

各窓口の担当範囲は厚生労働省のリーフレット「労務管理の「困った！」を解決　私たちが重点的にサポートします」に、連絡先の一覧は同省「時間外労働の上限規制　わかりやすい解説」2023年2月版に掲載されています。

よくある質問

36協定を結び直す必要はありますか？

今回の見直しに伴う締結し直しは求められていません。厚生労働省の発表は監督署の指導のあり方と相談支援体制の変更を示したもので、36協定の記載事項や届出様式の変更には触れていません。ただし協定した健康福祉確保措置の実施状況が確認の軸になるため、次回更新時に記載内容と運用実態を一致させておく実務上の意味は大きくなります。

月45時間を超えても是正勧告を受けなくなるのですか？

そうではありません。見直されたのは時間数のみに着目した一律の指導であり、法定の上限規制と罰則は変わっていません。厚生労働省は「過重労働による健康障害が生じるおそれが高い場合には、引き続き必要な指導を行う」と明記しています。

健康福祉確保措置は何個選べばよいですか？

告示第323号は個数を定めていません。9項目のうちから協定することが望ましいとするのみです。個数より、選んだ措置を実際に運用できるかどうかが実務上の判断基準になります。

クリニックのように従業員が少ない医療機関も対象ですか？

36協定を結んで時間外労働をさせている事業場であれば規模を問わず関係します。今回新設される専門相談窓口や訪問支援は、むしろ労務管理の専任者を置きにくい小規模事業場を主な想定に置いた支援策です。

参考資料

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参考・一次出典

この記事の執筆者

執筆鎌形 博展医師・薬剤師・MBA／社会医学系専門医・指導医／医療法人社団季邦会 理事長

医師・薬剤師・MBA／社会医学系専門医・指導医。医療法人社団季邦会 理事長として首都圏7拠点のクリニックを運営し、株式会社EN 代表取締役として医師向け求人プラットフォーム「Med…

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